吴学智回景谷后，立即到益智公社昔环建水文站。1960年又到景谷、澜沧、思茅3县交界的碧安公社老郭寨建站。1963年老郭寨站上迁4公里，建在景谷、思茅交界的大新山，测点设在山下小黑江。这里是云南省最艰苦的测点之一，气候炎热，人烟稀少，交通不便，环境艰苦，离观测站最近的村寨要走一小时山路，到景谷或思茅县城要步行三四天。建站所需物资*人抬牛帮运输，因修建水位台需要4吨水泥，站里的职工到处奔波联系，经过7天时间，动用135头（次）驮牛才将水泥运至江边。吃米要到5公里外买稻谷背回来自己加工。当时国家未拨钱在这里建盖房屋，吴学智就和其他职工一起砍树、割茅草搭窝棚。夏天，为了躲避蚊子、牛虻的叮咬，只好躲在蚊帐里看书学习，冬天只得燃起篝火御寒。当时这里连广播的声音都听不到，各种日报收到后已成为月刊，一年到头难得看上一次电影。为了准确及时观测水位、测量流量，每天要上下陡坡三公里左右，到江边划着竹筏与洪水拼搏无数个回合。

由于条件恶劣，工作艰苦，他患了肺结核、肾结石等多种疾病。领导考虑到他体弱多病，调他到离景谷县城较近的坝朗水文站，边工作边治病。病情有所好转后，1969年他又要求回到大新山水文站，他常说：“是党和人民给了我第二次生命，只要我还能动得，就要多做工作，大新山是我的家。”经过吴学智和全站职工努力，大新山水文站架设了130米测量缆道，建成高14米，进水道长11米的永久性圆柱形自动水位台，实现测流缆道化、雨量水位纪录自动化。此外，站上还安装柴油发电机组，解决了粮食加工和照明用电问题，并把水文站的草窝棚改建成土木结构瓦房。还在住地开荒种上瓜果蔬菜，饲养猪鸡，改善职工生活。他还抽出时间帮助附近农民修理小农具、柴油机，指导他们进行农副产品加工，深受群众赞扬。十多年来，大新山站的工作人员多次更换，吴学智却一直坚守在这里，有时，十天半月连交谈几句话的人都没有。

由于吴学智不断钻研，进行技术改造，改进观测和整编方法，1977年大新山水文站被评为全国先进水文站。但他并没有为此满足，而是继续进行改革创新，1982年大新山的5项水文观测资料有3项评为甲等，受到表扬。同年，吴学智被评为云南省农业劳动模范。1983年4月被推选为先进工作者，赴京参加水电部召开的全国水文系统先进集体和先进个人代表会议。吴学智到北京后，病情日愈加重，确认为白血病，经多方医治无效，返回云南后于7月在昆明病逝。