西汉时，今墨江县地属益州郡徼外地。东汉永平十二年（69），哀牢国归附汉，其地置为永昌郡，墨江也被划入其中。又先后归属南诏和大理。元宪宗四年（1254）他郎内附：至元十三年（1276），立他郎为二千户所；至元二十五年（1288），改他郎千户所为他郎寨（甸）长官司，司署设在他郎寨（今墨江县城）。明永乐四年（1406），改他郎寨（甸）长官司为恭顺州，隶元江府。雍正十年（1732），设通判驻旧恭顺之他郎寨，为他郎厅；乾隆三十五年（1770），他郎厅改隶普洱府。1913年废厅设县，定名他郎县。1916年，改为墨江县。1979年，墨江县改为墨江哈尼族自治县。从元初出现“他郎”名称一直到1916年改称墨江县，经历了他郎—恭顺、恭顺—他郎、他郎—墨江的3次演变，出现了同一地区的3个地名。

清道光《普洱府志》记载墨江原名“他郎”。“他郎”的3种说法，一说是傣语“哈南”或“怕罕”的译写演变，意为岔河或金岩子。这是因为墨江县地处天溪、马肺、涟漪等多条溪流交汇点，在其境内又有金矿。第二种说法则是“他郎”意为汉语“女婿管辖之地”的简称，这是由于自元代起，到清顺治时，长达几百年的时间里，墨江归元江土司管理，而土司曾经划拨相当于今墨江县大部分区域的“三里半甲”给其女婿管理。最后一种解释则是，“他郎”是彝语“他西郎莫”的简写，意为松树河或河边有松林的地方。

“恭顺”也有两种说法，第一种说法来源明代。永乐帝即位后，远在云南的元江军民府土司那荣派人前往道贺，《明史》载：“二十七年，知府那荣及白文玉等来朝贡。永乐三年，荣复入朝贡，帝厚加赐予，遂改为元江军民府，给之印信。”据说“恭顺”这个州名，也体现着土司对于新帝的逢迎。第二种说法，则是汉字译写的傣语地名，与“岗顺”音近似，“岗”指中间，“顺”指沃野，“岗顺”意为沃野中间的寨子。

“墨江”之名，来源于流经县境中部的“阿墨江”，寓意墨水成江。阿墨江的下游在历史上是哈尼族的一个支系阿木人的聚集地，江名来源于族名，为“阿木江”，后又转变为“阿墨江”。雍正《云南通志》载：“在城西南三百里，曰阿墨，曰把边，曰李仙。旧志云：上流之东，曰阿墨江……按舆图把边、阿墨在元江府之西，镇沅、普洱府之东……尚有他郎甸索漫会诸小水，俱入阿墨。”1916年，庾恩旸将军向民国政府提请改用“墨江”这个名字。庾恩旸将军认为“他郎”这个名字来源于夷语，读起来也颇为拗口，不如改一个简单响亮的新名字。既然阿墨江是县境内的大河，那直接从中取精便好。庾恩旸将军重视教育，希望在这片大地上生活的人们要读书自强，以至让墨水都流成江河，那样墨江就一定会有光明的未来。1979年7月，结合当地的实际情况和少数民族的意愿，墨江县改为墨江哈尼族自治县。

著名的北回归线经过墨江，墨江是全国知名的“双胞胎之乡”，在这里双胞胎的出生率高达8.7‰，是世界平均概率2‰的4.35倍。建有全世界唯一的双胞胎文化主题公园，以双胞胎现象、哈尼族太阳节、北回归线康养三位一体而举办的中国·墨江北回归线国际双胞胎节暨哈尼太阳节，成为了海内外游客欢聚一堂的盛大节庆。